Comme de nombreuses seigneuries avoisinantes, Antilly appartenait au chapitre de la cathédrale de Metz. A la suite du conflit opposant l’évêque de Metz au comte Henri II de Bar (1231-1234), l’évêché se voit amputé de sa capitale et de nombreux villages du pays messin s’émancipent partiellement de la tutelle de l’évêque. Antilly devient ainsi le fief de plusieurs seigneurs et bourgeois messins qui se succédèrent, avec le diocèse de Metz, durant presque 3 siècles (Bacal en 1312 ; Baudoche en 1424 ; de Heu en 1467 ; Roucel en 1518). Cette période, également source de conflits, est marquée par plusieurs incendies du village, notamment en 1223 et 1404. Antilly fut également dévasté par Bernard de Luxembourg et ses 400 cavaliers en 1493.
Le pays messin est rattaché au Royaume de France en 1552 et Antilly devient, au milieu du 17ème siècle, un village de la province des Trois-Évêchés dans le district du Haut-Chemin. Benjamin de Saint Aubin, bourgeois de Metz, est alors mentionné comme seigneur d’Antilly puis Pierre-Philippe Pantaléon (maitre échevin de la cité messine) et Antoine Goussaud (conseiller au parlement de Metz).